吉林大学确实要比厦门大学略胜一筹，这一点毋庸置疑。厦门大学建国前实力很强，但是建国之后经过院系调整之后实力减弱，又因为台湾问题，其早期发展也不是很顺利，一直都被吉林大学压制。这从两所学校进军全国重点大学时间上就可以看出来。国内第二批重点大学评选中，吉林大学是1960年入选;而厦门大学是1963年增选进入，由此可知早期的吉林大学就要比厦门大学更牛一些。

吉林大学早期实力强的主要原因其实是两点，一方面是吉林大学出身好，他是我党建立的高校，这个出身决定了吉林大学早期获得相应的政策要更多一些;另一方面东北地区建国初期经济实力也最强，有政策和资金支撑吉林大学的发展，何况吉林大学是一所文理综合类高校，相对消耗资金少一些，以当时的东北经济绝对可以使其成为出类拔萃的高校之一。

2000年之时吉林大学合并诸多高校，这就使得原本就强于厦门大学的吉林大学从规模上和学科门类上更要比其更具有优势。吉林大学当时合并了原吉林工业大学，而这所学校是第一批211工程高校，车辆和农机是其教研核心，实力相当强劲。换言之吉林大学是两所211工程大学合并组建而成的高校，这很显然要比厦门大学更具有实力，更有影响力了。

吉林大学在新千年初期发展的并不顺利，主要是因为合并院校过多，需要建设和改建的项目太多，而当时的吉林经济有在下滑，这就使得吉林大学没有强力的财源支撑，造成负债累累，最终不得不公开与众，结果各项投入跟不进去，由此实力大降。而厦门大学则是早期基础没打好，主要原因是厦门同台湾距离太近，而当时台海局势不明朗，这就造成厦门早期发展建设举步维艰，没有完整建立各类学科基础!